【新世纪跨越发展】（1999年— 至今）

    2003年，厦门提出了建设海湾型城市的总体发展要求，鼓浪屿作为厦门旅游龙头，撤区改组成立了“日光岩—万石山风景旅游”管委会，目的就是为了做强做大厦门的旅游产业。引种园地处鼓浪屿得天独厚的地理位置，又有自身独特的资源优势，引种园将如何发展，摆在了领导们的面前。

    为了适应新形势的发展要求，再创引种园的辉煌，引种园于2003年在原有规划（1997年制定）的基础上对园区进行了重新规划设计，并通过了市规划局的专家论证。该规划的指导思想是将引种园建设成为南亚热带风光的海岛型特色植物观光园，以科研、科普为主，最大限度满足旅游观光的功能，形成引种科研、植物观光、生产开发三位一体的特色植物园。2004年厦门市政府作出将引种园从原来由市科技局、市侨办主管划归为“日光岩—万石山风景旅游”管委会和市侨办共同主管。这进一步明确了引种园应发挥科技和资源优势，结合鼓浪屿的旅游大环境发展特色植物观光旅游。

    短期目标：在较短时间内（5年），按照规划设计要求，以国家4A级风景旅游区的建设标准，将引种园建设成为内容独特、品位高档、科教性强的亮点旅游单位。

    中长期目标：逐步建立和完善符合植物引种科研、特色植物科普观光旅游、科研成果开发利用三位一体的科学管理体制，使三者有机结合、互相促进、良性发展。