全世界植株中大约有6万多种植物的根、茎、叶、花、果或种子的某些部位可作药用。我国各族人民在长期治病过程中，总结积累了许多医药经验，著作了丰富的医药典籍。我国常用药用动植物有1万种多，它包括传统的草药和民族药。药用植物区以向公众展示介绍我国中草药的活体标本，让公众尤其是青少年一代能够认识传统医学中使用的药材的原来形态。

    本药圃以《中华人民共和国药典》、《本草纲目》、《中药大辞典》等权威书籍为指导，重点收集其中的南方药用植物，同时注重收集具有民族特色的民间药用植物。多年来，科研人员多次从广东、广西、云南、贵州、海南以及厦门周边的地区引进了丰富南药资源。目前共收集了近400百种南药资源，其中《中华人民共和国药典》中收录的包括巴戟天、地骨皮、栀子、瓜蒌、木鳖、木蝴蝶、半边莲、三白草、山银花、杜仲、菝葜、土茯苓、芦荟、草珊瑚、络石藤、仙鹤草等药材100余种，以及大量的地方特色药用植物，如金线连、风柜斗草、一粒黄、黄花倒水莲、猫尾射、海巴戟、七叶一枝花、一条根、人字草、白花蛇舌草、猫须草、千年健等。

    南药圃既有公园的外貌，又是药用植物科普与教学实践的活标本园。园内根据植物不同生态环境的要求，因地制宜地创造了阴生、湿生、阳生、水生生态小区。充分运用造园艺术和模拟自然的手法，对各种药用植物进行合理配置，构成了错落有致、幽雅别致的园林景观。